L'empereur du Japon a décidé récupérer à tout prix le pouvoir que les samouraïs arrachèrent à ses ancêtres. Cependant, le clan Hojo attaque la capitale impériale avant le soulèvement. Extra-muros, un propriétaire foncier de province reste fidèle à l'empereur qui a dû se réfugier dans la forteresse des moines guerriers de Kyoto. Son serment de loyauté est le dernier espoir des assiégés. La guerre Genkō vient de commencer. Pendant que ces évènements secouent les Iles Sacrées, un enfant paysan poursuit son voyage initiatique derrière l'ombre d'un moine zen. Dans ce second volet de la saga des Pierres de Chihaya, les meurtrières batailles entre samouraïs se succèdent et en même temps on nous montre la vie quotidienne des premières communautés zen japonaises, les activités secrètes des ninjas et la lutte pour la liberté d'une société marquée par la tradition.